病毒性腦膜炎后遺癥與病毒侵犯大腦部位有關。因為大腦是按照功能區(qū)定位，如果影響到某一功能區(qū)域變化，就會出現(xiàn)相應后遺癥。 如影響肢體功能，患者會出現(xiàn)行走不穩(wěn)、肢體偏癱，或者出現(xiàn)癲癇。有些患者會出現(xiàn)喜怒無常、大哭大鬧，有些會影響智力發(fā)育。部分患者會出現(xiàn)視力、聽力障礙，還會影響體溫變化。以上主要與病毒性腦膜炎損傷大腦核團有關系，所以病毒性腦膜炎后遺癥多種多樣，并不固定于某一個模式上面。