手術(shù)是治愈肛瘺的唯一方式。單純肛瘺術(shù)后預(yù)后良好，無特殊情況則較少復(fù)發(fā)。復(fù)雜性肛瘺一次手術(shù)可能無法完全治愈，一般需要2-3次手術(shù)方可治愈。復(fù)雜性肛瘺多數(shù)伴有肛腸原發(fā)疾病，如潰瘍性結(jié)腸炎等，且肛腸原發(fā)疾病及家族遺傳為肛瘺發(fā)生的高危因素，容易導(dǎo)致復(fù)雜性肛瘺。復(fù)雜性肛瘺由于通道較多而預(yù)后較差。另外，復(fù)雜性肛瘺手術(shù)需在保證肛門功能的前提下進(jìn)行。