皰疹性結膜炎針對病因，可以使用抗微生物的眼藥水。如果是細菌感染，則使用抗菌素眼藥水，如妥布霉素滴眼液、夫西地酸滴眼液等。如果是病毒感染，可使用更昔洛韋眼用凝膠，但阿昔洛韋眼藥水、干擾素眼藥水使用較少。如果是非感染性因素引起的皰疹性結膜炎，如依色林等藥物引起的刺激性結膜炎，需停止這些藥物的應用，使用低濃度、低效、毒性小的抗菌素眼藥水，如妥布霉素滴眼液聯(lián)合使用眼表修復劑，以及堿性成纖維細胞生長因子滴眼液等。皰疹性結膜炎的病因主要為兩大類，一類是病毒和細菌感染造成少部分的皰疹性結膜炎，可以由衣原體感染引起。第二類是藥物刺激引起，常見的是依色林滴眼后，引起的皰疹性結膜炎。皰疹性結膜炎眼藥水的應用，需要在臨床確診、明確病因后，才針對性地進行去除病因治療，不可以盲目使用。患者可在家中少量使用效率較好、副作用較小的抗菌素眼藥水，如妥布霉素滴眼液，對眼表沒有太大損害，可以進行試驗性治療。