腦脊液生化檢查主要是查看患者腦脊液內蛋白的含量、糖的含量以及氯化物的含量。其中，糖和蛋白值是相對重要的指標。大部分顱內感染患者，腦脊液內糖含量會降低，蛋白含量升高，如腦膜炎、腦室炎、腦炎等顱內細菌性感染；但仍有部分特殊感染，如病毒性腦膜炎、腦炎等，會導致早期患者腦脊液內白細胞和蛋白值升高，而糖含量依然在正常水平。