小腸鏡常用雙氣囊小腸鏡，通常分兩次進行，一次是從口側(cè)進入如同胃鏡檢查，另一次從肛側(cè)進入進行，排除胃或結(jié)腸問題，明確小腸病變。對操作者要求較高，若病人無法耐受，可選擇無痛小腸鏡進行檢查。 首先患者應進行腸道清潔，病人為側(cè)臥位，如同胃鏡過程。醫(yī)生操作時可經(jīng)過食管、胃進入小腸，由于腸鏡長度一定，無法深入后，在此部位標記鈦夾或組織夾，擇期或當天重新從肛側(cè)進入；其次經(jīng)過肛門、直腸、乙狀結(jié)腸，以及降結(jié)腸、橫結(jié)腸、升結(jié)腸再到回盲部，再往小腸深入，盡可能找到之前標記點。到達標記點說明兩次檢查匯合，可觀察小腸情況，根據(jù)所觀察情況診斷，或進行活檢以及治療等，為小腸鏡檢查全過程。