預防手足口病的疫苗是EV71型疫苗，即針對腸道病毒EV71型病毒研制的疫苗，該病毒引起重癥手足口病的病例相對較多，尤其見于3歲以下的兒童。所以針對能夠引起重型的EV71型腸道病毒，研制了疫苗，0.5-5歲的兒童，均可以接種該病毒的疫苗。因為病毒感染之后，可以引起比較嚴重的手足口病，尤其對于3歲以下的兒童，常常可以合并有腦膜炎或者腦炎，也可以合并心肌炎、肺炎，病死率相對比較高。所以如果接種該型的手足口病疫苗，一旦感染了手足口病，也不至于引起嚴重的手足口病，但是并不等于不會感染手足口病。因為柯薩奇病毒、埃可病毒等病毒感染，也可以引起手足口病，只不過引起重型手足口病幾率，相對沒有腸道病毒EV71型幾率高。所以注射了手足口疫苗之后，還有可能會感染手足口病，因為還有其他病原引起的手足口病，對于其他病原引起的手足口病，目前還缺乏疫苗。