試管嬰兒和正常自然受孕出生的嬰兒在基因突變方面沒有明顯差異，即正常受孕出生的嬰兒可能出現(xiàn)基因突變，試管嬰兒也會出現(xiàn)基因突變，試管嬰兒不會增加基因突變的概率。目前文獻報道試管嬰兒出生后的缺陷或者其他疾病發(fā)病的風險，都和自然懷孕出生的嬰兒發(fā)生概率一致。其實基因突變是所有生物類都會存在，如受自然界影響，包括飲食、環(huán)境、作息，每個人都會有基因突變的情況，這是人類在繁衍過程中自然的過程，不是所有基因突變都存在問題，或者導致疾病。因此從生物學的角度上允許存在基因突變，只是部分基因突變可能增加發(fā)生某些疾病的概率，但自然受孕的嬰兒和試管嬰兒出現(xiàn)基因突變的概率沒有顯著性差異。