病人的巧克力囊腫有3公分，可能要做手術，也可能不要做手術，需具體情況具體分析，具體如下：1、不需要手術：若病人的巧克力囊腫有3公分且沒有其他并發(fā)癥，如蒂扭轉，此時可不做手術，采用保守的方法動態(tài)觀察即可。比如有痛經時，可服用止痛藥物如布洛芬等；另外，也可服用唯散寧進行相應治療；還可注射醋酸曲普瑞林進行治療，上述藥物都能達到較好的治療效果。巧克力囊腫是在來月經時，脫落的子宮內膜種植在卵巢局部所致。而每次來月經時，子宮內膜都會脫落并引起出血，而種植在卵巢局部的子宮內膜也會出血，隨著時間推移從而形成囊腫。此類囊腫隨著女性年齡增長，到絕經后巧克力囊腫增大的可能性會明顯下降；2、需要手術：巧克力囊腫在臨床上主要表現為進行性加重的痛經、不孕不育；另外，隨著巧克力囊腫增大還有可能導致盆腔粘連等。因此，若巧克力囊腫繼續(xù)增大，可考慮手術治療。