在治療功能性胃腸疾病和部分胃腸疾病的疑難雜癥上，中藥較有優(yōu)勢，如功能性消化不良，多因肝胃不和、降胃氣上逆導(dǎo)致。所以一般經(jīng)過用疏肝解郁，和胃降逆的藥即可起到很好的效果。還有腸易激綜合征、難治性的胃食管反流病，西醫(yī)認為與內(nèi)臟神經(jīng)敏感有關(guān)，這時應(yīng)用質(zhì)子泵抑制劑可能效果不佳，反而中醫(yī)治療可獲得很好的療效。部分長期綜合征，基本為調(diào)節(jié)腸道神經(jīng)，微生態(tài)制劑等治療，可能西醫(yī)療效不一定好，而中醫(yī)的治療?？扇〉幂^好的療效。還有頑固性的，如胃腸疾病，包括潰瘍性結(jié)腸炎。部分人應(yīng)用美沙拉嗪、激素藥物可能效果不佳，加用中藥治療后，反而起到很好的療效。所以在治療胃腸疾病上，中醫(yī)治療較有優(yōu)勢。