磁共振可以檢查胃腸，但很少應(yīng)用。磁共振可能用于糞便的排泄實驗，腸道里打造影劑后，在磁共振下看腸壁的蠕動形態(tài)。但檢查腸胃最常見的為腸胃、腸鏡、胃鏡、結(jié)腸鏡、小腸鏡、膠囊內(nèi)鏡等。內(nèi)鏡檢查能直觀的觀察胃壁、腸壁的形態(tài)結(jié)構(gòu)，包括有沒有息肉、腫物、潰瘍、癌腫等。而且不僅能夠進行檢查、觀察，還能進行內(nèi)鏡下的活檢、出血治療、腫物切除、黏膜剝離、放置支架等。這些磁共振都不能代替，包括造影檢查也不能代替內(nèi)鏡。目前隨著醫(yī)療技術(shù)的發(fā)展，腸胃鏡還能做超聲檢查、穿刺等。有很多外科手術(shù)都被內(nèi)鏡操作所代替，越來越向精細醫(yī)療、精準醫(yī)療、微創(chuàng)醫(yī)療上發(fā)展。所以磁共振主要應(yīng)用實質(zhì)臟器的檢查，空腔臟器的應(yīng)用比較少。