早上起來肚子疼的原因，常見有以下幾種：1、膀胱憋尿：膀胱充盈時(shí)可能會(huì)引起肚子疼，因尿憋時(shí)間過長；2、腹部著涼：晚上睡覺時(shí)被子沒蓋好，出現(xiàn)肚子著涼，早上起來時(shí)腸管受到?jīng)龅拇碳?，出現(xiàn)痙攣性收縮，引起肚子疼；3、自主神經(jīng)功能紊亂：如腸功能紊亂，早上起來后腸管出現(xiàn)痙攣性收縮，引起肚子疼；4、其他原因：腹部臟器病變，如小腸的炎癥性疾病，還有潰瘍性結(jié)腸炎、腸結(jié)核、克羅恩病或者腫瘤性疾病，如間質(zhì)瘤、腺癌等。上述病因，需根據(jù)疼痛部位、疼痛性質(zhì)，進(jìn)行相應(yīng)檢查，如結(jié)腸鏡、胃鏡、小腸造影檢查，查看是否有消化道或者其他腹腔臟器疾病。