臨床上，部分肛周膿腫可以根治，另一部分需二期手術治療肛瘺。該病為肛門部特殊感染，一旦確診，須進行手術治療。手術過程中除切開引流外，需盡量尋找膿腫來源，如果成功切除膿腫來源，可稱為根治性肛周膿腫切開術，可根治膿腫。如果手術中膿腫來源不明，避免盲目尋找導致肛門部額外損傷，此時需二期處理肛瘺時再尋找膿腫來源。